Die erste Zweitligasaison der Vereinsgeschichte endete mit einer großen Enttäuschung. Nach einer starken Hinrunde wurde am Ende der Saison die Rückkehr ins Oberhaus verpasst.
| Mannschaft | ges. | G | U | V | Tore | Diff. | Punkte | |
| 1 | 1. FC Köln | 34 | 19 | 6 | 9 | 84:47 | 37 | 63 |
| 2 | SC Paderborn 07 | 34 | 16 | 9 | 9 | 76:50 | 26 | 57 |
| 3 | 1. FC Union Berlin | 34 | 14 | 15 | 5 | 54:33 | 21 | 57 |
| 4 | Hamburger SV | 34 | 16 | 8 | 10 | 45:42 | 3 | 56 |
| 5 | 1. FC Heidenheim | 34 | 15 | 10 | 9 | 55:45 | 10 | 55 |
| 6 | Holstein Kiel | 34 | 13 | 10 | 11 | 60:51 | 9 | 49 |
| 7 | Arminia Bielefeld | 34 | 13 | 10 | 11 | 52:50 | 2 | 49 |
| 8 | Jahn Regensburg | 34 | 12 | 13 | 9 | 55:54 | 1 | 49 |
| 9 | FC St. Pauli | 34 | 14 | 7 | 13 | 46:53 | -7 | 49 |
| 10 | SV Darmstadt 98 | 34 | 13 | 7 | 14 | 45:53 | -8 | 46 |
| 11 | VfL Bochum | 34 | 11 | 11 | 12 | 49:50 | -1 | 44 |
| 12 | Dynamo Dresden | 34 | 11 | 9 | 14 | 41:48 | -7 | 42 |
| 13 | Greuther Fürth | 34 | 10 | 12 | 12 | 37:56 | -19 | 42 |
| 14 | Erzgebirge Aue | 34 | 11 | 7 | 16 | 43:47 | -4 | 40 |
| 15 | SV Sandhausen | 34 | 9 | 11 | 14 | 45:52 | -7 | 38 |
| 16 | FC Ingolstadt 04 | 34 | 9 | 8 | 17 | 43:55 | -12 | 35 |
| 17 | 1. FC Magdeburg | 34 | 6 | 13 | 15 | 35:53 | -18 | 31 |
| 18 | MSV Duisburg | 34 | 6 | 10 | 18 | 39:65 | -26 | 28 |
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