Wieder einmal hatten die Anhänger des HSV große Hoffnungen in der Deutschen Meisterschaft. Am 12. Juni 1949 kam es in Frankfurt zum Vorrundenspiel gegen den zweiten aus der Südmeisterschaft, den VfR Mannheim, zur Katastrophe. Der HSV verlor gegen den späteren Deutschen Meister mit 0-5.
Deutsche Meisterschaft Endrunde
| Vorrunde | VfR Mannheim – Hamburger SV 5-0 |
Norddeutsche Meisterschaft 1948/49
Vor der Saison gab es eine Veränderungen in der Mannschaft. Torjäger Fred Boller verließ den HSV Richtung Süddeutschland, Richard und Frido Dörfel hingen die Stiefel an den Nagel. Neu ins Team kamen Herbert Woitkowiak und Werner Gorska vom TuS Hamburg sowie Helmut Schmeißer von den Stuttgarter Kickers.
Durch unnötige Niederlagen gegen St.Pauli waren beide Teams am Ende der Serie wieder punktgleich. Erneut mußte ein Entscheidungsspiel über die Meisterschaft entscheiden. Bei St.Pauli tauchte überraschend der ex-HSV-Torjäger Fred Boller auf, der vor der Saison den HSV erst verlassen hatte. Vor 40.000 Zuschauern im Volksparkstadion spielte St.Pauli durch zwei Tore von Fred Boller eine 2-0-Führung heraus.
Nach der Pause wurde der HSV stärker und erzielte den 2-2-Ausgleich und ging wenig später sogar mit 3-2 in Führung. St.Pauli schaffte den erneuten Ausgleich zum 3-3. Doch der HSV schlug zurück und erzielte zwei weitere Treffer und siegte in diesem dramatischen Spiel mit 5-3.
| Entscheidungsspiel | Hamburger SV – FC St.Pauli 5-3 |
Tabelle:
| Verein | Tore | Punkte | Heimspiel | Auswärtsspiel | |
| 1. | HAMBURGER SV | 61-31 | 32-12 | aus HSV Sicht | |
| 2. | FC St. Pauli | 47-22 | 32-12 | 0-2 | 1-2 |
| 3. | VfL Osnabrück | 61-23 | 31-13 | 1-2 | 1-0 |
| 4. | Braunschweig | 48-48 | 25-19 | 7-2 | 2-0 |
| 5. | Bremer SV | 45-53 | 22-22 | 4-2 | 2-2 |
| 6. | TV Eimsbüttel | 35-40 | 21-23 | 2-1 | 1-2 |
| 7. | VfB Lübeck | 35-44 | 20-24 | 2-2 | 4-1 |
| 8. | Werder Bremen | 49-50 | 19-25 | 5-2 | 3-2 |
| 9. | Concordia Hamburg | 44-49 | 18-26 | 2-2 | 1-1 |
| 10. | Arminia Hannover | 33-50 | 16-28 | 2-0 | 3-1 |
| 11. | Göttingen 05 | 35-57 | 14-30 | 4-1 | 4-1 |
| 12. | Bremerhaven 93 | 28-54 | 14-30 | 7-1 | 3-2 |