Die Messe-Pokal Saison 1968/69 beendete der HSV nach dem Viertelfinale und verzichtete auf die weitere Teilnahme.
| 1. Runde | ||
| Hinspiel: | FC Metz – HSV | 1-4 |
| Rückspiel: | HSV – FC Metz | 3-2 |
| Achtelfinale | ||
| Hinspiel: | HSV – Slavia Prag | 4-1 |
| Rückspiel: | Slavia Prag – HSV | 2-1 |
| Viertelfinale | ||
| Hinspiel: | HSV – Hib. Edingburgh | 1-0 |
| Rückspiel: | Hib. Edingburgh – HSV | 2-1 |