Die 44. Bundesliga-Saison 2006/07 begann sehr schlecht für den HSV. Nach der Winterpause wurde Trainer Doll entlassen, nachdem das Team auf einem Abstiegsplatz stand. Retter Huub Stevens übernahm das Team im Februar und führte es nach auf den 7. Tabellenplatz.
In der Saison 2005/06 qualifizierte sich der HSV über den UI-Cup für den UEFA-Pokal. Nach der Gruppenphase schied die Mannschaft im Achtelfinale gegen Rapid Bukarest aus.
Die 42. Bundesliga-Saison 2004/05 beendete der HSV auf dem 8. Tabellenplatz. Im Herbst 2004 wurde Trainer Klaus Toppmöller wegen Erfolglosigkeit entlassen und durch Thomas Doll ersetzt.
Der HSV beendete die 41. Bundesliga-Saison 2003/04 auf dem 8. Tabellenplatz. Trainer Kurt Jara wurde im Herbst 2003 entlassen und durch Klaus Toppmöller ersetzt.
Die 38. Bundesliga-Saison 2000/01 beendete der HSV auf dem enttäuschenden 13. Tabellenplatz. Die Doppelbelastung durch die teilweise berauschenden Auftritte in der Champions League konnte die Mannschaft in der Liga nicht kompensieren.
Die 39. Bundesliga-Saison 2001/02 begann mit einem Fehlstart, dem Trainer Frank Pagelsdorf zum Opfer fiel. Interimscoach Holger Hieronymus übergab nach zwei sieglosen Spielen an Kurt Jara, unter dem am Ende der 11. Tabellenplatz erreicht wurde.
