In der Saison 2005/06 qualifizierte sich der HSV über den UI-Cup für den UEFA-Pokal. Nach der Gruppenphase schied die Mannschaft im Achtelfinale gegen Rapid Bukarest aus.
UEFA-Intertoto-Cup
| 2.Runde: | ||
| Hinspiel: | HSV – Popeda Prilep | 4-1 |
| Rückspiel: | Popeda Prilep – HSV | 1-4 |
| 3.Runde: | ||
| Hinspiel: | Uniao Leiria – HSV | 0-1 |
| Rückspiel: | HSV – Uniao Leiria | 2-0 |
| Halbfinale: | ||
| Hinspiel: | Sigma Olmütz – HSV | 0-1 |
| Rückspiel: | HSV – Sigma Olmütz | 3-0 |
| Finale: | ||
| Hinspiel: | HSV – FC Valencia | 1-0 |
| Rückspiel: | FC Valencia – HSV | 0-0 |
Damit qualifiziert sich der HSV als Sieger des UEFA-Intertoto-Cups für die erste Runde des UEFA-Cups.
UEFA-Cup Play-off:
| 1.Runde: | ||
| Hinspiel: | HSV – FC Kopenhagen | 1-1 |
| Rückspiel: | FC Kopenhagen – HSV | 0-1 |
Tabelle:
| Verein | Tore | Punkte | Ergebnis | ||
| 1. | AS Monaco | 6-2 | 9 | 0-2 | |
| 2. | HAMBURGER SV | 5-2 | 9 | aus HSV Sicht | |
| 3. | Slavia Prag | 6-8 | 4 | 2-0 | |
| 4. | Viking Stavanger | 3-6 | 4 | 2-0 | |
| 5. | ZSKA Sofia | 5-7 | 3 | 1-0 | |
KO-Phase:
| Zwischenrunde: | ||
| Hinspiel: | FC Thun – HSV | 1-0 |
| Rückspiel: | HSV – FC Thun | 2-0 |
| Achtelfinale: | ||
| Hinspiel: | Rapid Bukarest – HSV | 2-0 |
| Rückspiel: | HSV – Rapid Bukarest | 3-1 |