Die 38. Bundesliga-Saison 2000/01 beendete der HSV auf dem enttäuschenden 13. Tabellenplatz. Die Doppelbelastung durch die teilweise berauschenden Auftritte in der Champions League konnte die Mannschaft in der Liga nicht kompensieren.
Torschützenkönig der Saison 2000/01 wurden Sergej Barbarez zusammen mit Ebbe Sand von Schalke 04. Beide erzielten jeweils 22 Saisontreffer. Den 22. Treffer schoss Sergej Barbarez in der 90. Minute des letzten Spieltags gegen Bayern München zur 1-0 Führung. Durch einen Sieg gegen Bayern wäre Schalke 04 Deutscher Meister gewesen, allerdings trafen die Bayern (während auf Schalke schon der Titel gefeiert wurde) noch in der 94. Minute zum 1-1 Ausgleich. Ein umstrittenen Freistoß aus 12 Metern, nach einem unerlaubten Rückpass, nutzen die Bayern und wurden doch noch Deutscher Meister 2001.
Torschützen:
Sergej Barbarez 22 Tore
Mehdia Mahdavikia 5 Tore
Roy Präger 5 Tore
Nico Kovac 4 Tore
Marek Heinz 4 Tore
Erik Meijer 3 Tore
Jörg Butt 3 Tore
Anthony Yeboah 2 Tore
Marinus Bester 2 Tore
Stig Töfting 1 Tor
Marcel Ketelaer 1 Tor
Ingo Hertzsch 1 Tor
Nico Jan Hoogma 1 Tor
Milan Fukal 1 Tor
Tabelle:
| Verein | Tore | Diff. | Punkte | Heimspiel | Auswärtsspiel | |
| 1. | Bayern München | 62-37 | +25 | 63 | 1-1 | 1-2 |
| 2. | FC Schalke 04 | 65-35 | +30 | 62 | 2-0 | 1-0 |
| 3. | Borussia Dortmund | 62-42 | +20 | 58 | 2-3 | 2-4 |
| 4. | Bayer Leverkusen | 54-40 | +14 | 58 | 1-3 | 1-1 |
| 5. | Hertha BSC Berlin | 58-52 | +6 | 56 | 1-2 | 0-4 |
| 6. | SC Freiburg | 54-37 | +17 | 55 | 5-0 | 0-0 |
| 7. | Werder Bremen | 53-38 | +15 | 53 | 2-1 | 1-3 |
| 8. | Kaiserslautern | 49-54 | -5 | 50 | 1-1 | 1-2 |
| 9. | VfL Wolfsburg | 60-45 | +15 | 47 | 3-2 | 4-4 |
| 10. | 1.FC Köln | 59-52 | +7 | 46 | 1-1 | 2-4 |
| 11. | 1860 München | 43-55 | -12 | 44 | 2-2 | 1-2 |
| 12. | Hansa Rostock | 34-47 | -13 | 43 | 2-1 | 0-1 |
| 13. | HAMBURGER SV | 58-58 | 0 | 41 | aus HSV-Sicht | |
| 14. | Energie Cottbus | 38-52 | -14 | 39 | 2-1 | 2-4 |
| 15. | VfB Stuttgart | 42-49 | -7 | 38 | 2-2 | 3-3 |
| 16. | Unterhaching | 35-59 | -24 | 35 | 1-1 | 1-2 |
| 17. | Eintracht Frankfurt | 41-68 | -27 | 35 | 2-0 | 1-1 |
| 18. | VfL Bochum | 30-67 | -37 | 27 | 3-0 | 4-0 |