In der 46. Bundesliga-Saison 2008/09 spielte der HSV lange in der Spitzengruppe der Liga um den Titel mit und beendete die Saison auf dem 5. Tabellenplatz. Damit gelang erneut die Qualifikation für den internationalen Wettbewerb.
Die 44. Bundesliga-Saison 2006/07 begann sehr schlecht für den HSV. Nach der Winterpause wurde Trainer Doll entlassen, nachdem das Team auf einem Abstiegsplatz stand. Retter Huub Stevens übernahm das Team im Februar und führte es nach auf den 7. Tabellenplatz.
Die 42. Bundesliga-Saison 2004/05 beendete der HSV auf dem 8. Tabellenplatz. Im Herbst 2004 wurde Trainer Klaus Toppmöller wegen Erfolglosigkeit entlassen und durch Thomas Doll ersetzt.
Der HSV beendete die 41. Bundesliga-Saison 2003/04 auf dem 8. Tabellenplatz. Trainer Kurt Jara wurde im Herbst 2003 entlassen und durch Klaus Toppmöller ersetzt.
Die 38. Bundesliga-Saison 2000/01 beendete der HSV auf dem enttäuschenden 13. Tabellenplatz. Die Doppelbelastung durch die teilweise berauschenden Auftritte in der Champions League konnte die Mannschaft in der Liga nicht kompensieren.
Die 39. Bundesliga-Saison 2001/02 begann mit einem Fehlstart, dem Trainer Frank Pagelsdorf zum Opfer fiel. Interimscoach Holger Hieronymus übergab nach zwei sieglosen Spielen an Kurt Jara, unter dem am Ende der 11. Tabellenplatz erreicht wurde.
Die 37. Bundesliga-Saison 1999/2000 war für den HSV die beste Saison seit den erfolgreichen 80er Jahren. Am Saisonende belegte das Team von Frank Pagelsdorf den 3. Tabellenplatz und schaffte die Qualifikation zur Champions League.
